Для осуществления обработки и хранения грузов Южный речной порт использует несколько типов складских помещений:
Общая площадь складских помещений — 87 000 квадратных метров.
Для работы в складских помещениях Южный речной порт имеет в распоряжении современное погрузо-разгрузочное оборудование, необходимое для обработки грузов в любой упаковке, весом от 0,5 т до 7 т.